根据国务院机构改革方案，国家食品药品监督管理局改由卫生部管理，同时相应调整有关职责分工。这一改革体现了建立“服务型政府”的要求，有助于强化食品药品安全的监管。
食品药品直接关系社会公众的身体健康和生命安全，其安全管理是一项巨大的系统工程，涉及多行业、多领域、多环节，需要建立起分工合理、制度严明、管理协调的体制，实现全过程管理与控制。从目前情况来看，各国都根据各自国情，建立了不同类型的食品药品安全管理体制。我国的食品药品是由多部门来分段监管的，多头监管有利于监管专业化，却容易导致分工和权责不清，管理交叉和冲突，最终造成监管不力。
针对这一情况，我国进行了多次改革和调整。在1998年机构改革中，原药政管理局脱离卫生部，与原国家经贸委管理的国家医药管理局合并，成立国家药品监督管理局。在2003年的机构改革中，在国家药品监督管理局基础上组建国家食品药品监督管理局。但是由于和卫生部门的职能没有划分清楚，职能交叉问题常有出现。以药品监管为例，药品审评、上市后监督、不良反应监测等诸多问题都涉及卫生部门。
2004年9月，国务院下发了《关于进一步加强食品安全工作的决定》，其中就相关监管部门的职责进行了重新划分：“农业部门负责初级农产品生产环节的监管；质检部门负责食品生产加工环节的监管，将原来由卫生部门承担的食品生产加工环节的监督职责划归质检部门；工商部门负责食品流通环节的监管；卫生部门负责餐饮业和食堂等消费环节的监管；食品药品监管部门负责对食品安全的综合监督、组织协调和依法组织查处重大事故。”这项规定虽然对各部门的职责进行了划分，但由于种种原因，在实践中仍难以顺畅执行。各部门之间或者出现重复监管，或者相互推诿监管责任，造成各部门之间的监管盲区。2004年出现的安徽阜阳奶粉事件就是一个典型的例子。
这次机构改革明确由卫生部承担食品安全综合协调、组织查处食品安全重大事故的责任，并对食品安全监管队伍进行相应整合。调整食品药品管理职能后，卫生部履行食品安全综合监管职责，负责组织制定食品安全标准、药品法典，建立国家基本药物制度；国家食品药品监督管理局负责食品卫生许可，监管餐饮业、食堂等消费环节食品安全，监管药品的科研、生产、流通、使用和药品安全等。这种体制有利于加强卫生与食品药品的统筹管理，有利于落实监管责任，符合保障和改善民生的趋势，体现了建立“服务型政府”的要求。
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